【国产经典老电影】蜜月的阴谋单细胞RNA-Seq产品全新升级,再不来就晚了还在为生信分析发愁?这个软件一jian搞定

花式Show出你的基因富集结果

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果然,颜值即正义!

基因富集分析(Gene Enriciment Analysis)通常用来分析确定两个分组间某些特征或通路上的差异,富集分析的方法则包括常规富集分析和GSEA分析。

GSEA的分析结果通常会生成一张标准的曲线-条码图,解螺旋教给大家的GO和DAVID分析就是用这种柱状图来展示结果的。

这种展示分析结果固然四平八稳,但确实缺了一些艺术性,毕竟这是个看颜值的时代,科研作图的美观性越来越重要,展示方法、配色都是门学问。

那么今天就来来聊一聊一款由华中科技大学薛宇教授实验室开发的分析和展示工具——WocEA(Word cloud for the Enrichment Analysis),下载网址:http://wocea.biocuckoo.org/index.php。

WocEA是本地版的软件,不提供在线工具,使用上就是各种点鼠标,无需编程,处理过程的file可以保存在本地,避免了在网页版上操作时可能需要重复操作的麻烦。

软件是用词云的方式展示富集结果,形式上还是挺新颖的,用户可以对词条的大小和颜色分别赋予不同的意义,而且有多种排列方式来展示,花样还是挺多的。

1.导入数据时可以对数据进行处理

2.词云调整面板信息

3.可添加并修改Bar展示形式

另外,软件还提供GO Enrichment analysis,只需提供基因名、蛋白序列或核酸序列信息,即可进行富集分析。

富集操作面板比较简单

与平常大家容易见到的用柱状图或热图展示富集结果展示不同,WocEA通过将字体的大小和颜色分别赋予不同的意义以达到展示结果的目的。比如,可以用颜色表示NES(标准化后的富集值),然后用字体的大小表示Pvalue,新颖又不失严谨,一箭双雕。

而且WocEA支持不同操作系统的使用哦,windows,linux,MacOS通吃。至于更为详细具体的安装和使用操作上,这款国产工具的开发者在网站的DOWNLOAD界面提供了详细的中文版的使用说明书,方便大家使用,真是非常良心了。

近日,网站也推出了网络版供大家使用,不过不能保存处理的过程参数,做一个简单的富集或者展示还是挺好的哈。

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